В 1863 году Академия художеств присудила ему золотую медаль за картину «Моисей источает воду из скалы». До окончания учебы в Академии оставалось написать программу на большую медаль и получить заграничное пенсионерство. Совет Академии предложил ученикам на конкурс тему из скандинавских саг «Пир в Валгалле». Все четырнадцать выпускников отказались от разработки данной темы, и подали прошение о том, чтобы им позволили каждому выбрать тему, по своему желанию. Последующие события вошли в историю русского искусства как «Бунт четырнадцати». Совет Академии им отказал, а профессор Тон отметил: «если бы это случилось прежде, то всех бы вас в солдаты!» 9 ноября 1863 года Крамской от лица товарищей заявил совету, что они, «не смея думать об изменении академических постановлений, покорнейше просят совет освободить их от участия в конкурсе». В числе этих четырнадцати художников были: И. Н. Крамской, Б. Б. Вениг, Н. Д. Дмитриев-Оренбургский, А. Д. Литовченко, А. И. Корзухин, Н. С. Шустов, А. И. Морозов, К. Е. Маковский, Ф. С. Журавлёв, К. В. Лемох, А. К. Григорьев, М. И. Песков, В. П. Крейтан и Н. В. Петров. Ушедшие из Академии художники образовали «Петербургскую артель художников», просуществовавшую до 1871 года. В 1865 году Марков пригласил его в помощники по расписыванию купола храма Христа Спасителя в Москве. Из-за болезни Маркова, всю главную роспись купола сделал Крамской, вместе с художниками Венигом и Кошелевым. В 1863—1868 годах он преподавал в школе рисования общества поддержки прикладного искусства. В 1869 году Крамской получил звание академика.

В 1870 году образовалось «Товарищество передвижных художественных выставок», одним из основных организаторов и идеологов которого был Крамской. Под влиянием идей русских демократов-революционеров Крамской отстаивал взгляд о высокой общественной роли художника, принципов реализма, моральной сущности и национальности искусства. Иван Николаевич Крамской создал ряд портретов выдающихся русских писателей, артистов и общественных деятелей (таких как: Лев Николаевич Толстой, 1873; И. И. Шишкин, 1873; Павел Михайлович Третьяков, 1876; М. Е. Салтыков-Щедрин, 1879 — все находятся в Третьяковской галерее; портрет Боткина (1880) — частная коллекция, Москва). Продолжатель гуманистических традиций Александра Иванова, Крамской создал религиозный перелом в морально-философском мышлении. Он придал драматическим переживаниям Иисуса Христа глубоко психологическую жизненную интерпретацию (идея героического самопожертвования). Влияние идеологии заметно в портретах и тематических картинах — «Н. А. Некрасов в период Последних песен», 1877—1878; «Неизвестная», 1883; «Неутешное горе», 1884 — все в Третьяковской галерее. Демократическая ориентировка работ Крамского, его критические проницательные суждения об искусстве, и настойчивые исследования объективных критерий оценок особенностей искусства и их влияния на него, развило демократическое искусство и мировоззрение на искусство в России в последней трети XIX века. Художник умер 24 марта (5 апреля) 1887 года, во время работы над портретом доктора Раухфуса, когда он внезапно наклонился и упал. Раухфус попытался оказать ему помощь, но было уже поздно.